Projets exploratoires

Les changements globaux s’accompagnent d’un accroissement des efflorescences de cyanobactéries avec des conséquences sanitaire, environnementale et économique majeures. Ainsi l’impact sur la santé végétale, humaine et animale du à l’empoisonnement aux cyanotoxines se concrétise de multiples façons : dégradation de la biodiversité des écosystèmes, perte de production en élevage, aquaculture et pour la pêche, baisse du tourisme en raison de la fermeture des sites récréatifs, accroissement important des coûts économiques liés au traitement de l’eau…

L'hypothèse centrale du projet est que l'interaction microbiome-mucine est cruciale pour maintenir la santé de la muqueuse et protéger l'hôte des agents pathogènes. Ainsi, des changements dans l’interaction entre les mucines et la composition et l'activité de la communauté microbienne dans l'intestin ou les voies respiratoires pourraient augmenter le risque de maladie infectieuse. C'est pourquoi les activités du réseau seront complétées par une approche preuve de concept utilisant deux modèles de bétail cliniquement pertinents (porcs et veaux) ainsi que les voies intestinales et aériennes, où les cellules épithéliales sont recouvertes de mucus et où l'interaction microbiome-mucines est d'une importance capitale pour éviter les maladies complexes digestives et respiratoires, respectivement.

La super excrétion de Salmonella est un problème sanitaire dans l'industrie porcine. Dans une étude précédente (PMID:36629432), il a été démontré que la perturbation de l'holobionte spécifique aux porcs à faible et à forte excrétion suit un scénario complexe.

Les systèmes agri-alimentaires sont largement dépendants des intrants azotés. Pourtant la plupart des cultures (particulièrement les céréales) ont une faible efficacité d'utilisation de cet azote ajouté (entre 30 et 50 %). Par conséquent, une grande quantité de l’azote appliqué dans les agroécosystèmes se retrouve dans l'atmosphère, les écosystèmes terrestres et aquatiques provoquant l’emballement du cycle de l’azote, avec des problématiques diverses, comme l’eutrophisation ou encore l’augmentation des émissions de protoxyde d’azote. Ce cycle de l'azote est largement régi par les microorganismes des sols.

Le projet EggToMeat vise à identifier l'impact des paramètres d'élevage sur le flux du microbiote tout au long de la chaîne de production du poulet, des œufs aux carcasses. À cette fin, deux conditions d'élevage (intérieur vs extérieur) seront comparées sur un seul lot d'œufs embryonnés.

Le projet MicroWean porte sur la colonisation microbienne des surfaces muqueuses pendant les premiers jours de la vie, un processus essentiel au développement du nouveau-né.

Le projet µFlyAdapt souhaite mettre en évidence le recrutement sélectif et le rôle des microorganismes de la rhizosphere dans l’adaptation d’un insecte phytophage racinaire (la mouche du chou Delia radicum) à sa plante hôte (Brassica napus).

Le projet HOUSE souhaite répondre à des questions relevant des sciences de l’évolution en mobilisant des méthodes d’écologie microbienne et de biologie végétale. Il vise à analyser la pertinence du concept d’holobionte par une approche de sélection artificielle de la plante, du microbiote rhizosphérique ou des deux simultanément, afin de conclure sur l’importance des interactions plante-microbiote dans la réponse à la sélection.

Le projet HOLOPIG concerne le contrôle microbien de la maturation de la barrière épithéliale intestinale et ses effets à long terme sur la santé des mammifères. Nous proposons d'utiliser l'holobionte de porc comme modèle pour identifier le mode d'action des bactéries primocolonisatrices sur les cellules épithéliales de l'hôte.

Le projet HOLOBROM étudie l'acquisition et la transmission des endophytes microbiens (qui vivent à l'intérieur d'un végétal) sur le développement et la croissance des plantes. Des études sur des espèces cultivées suggèrent des effets maternels, mais ces effets restent peu connus dans les écosystèmes naturels, par ailleurs soumis à de forts gradients environnementaux.