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Le projet TANDEM vise à mieux comprendre la manière dont les micro-organismes de la chaîne alimentaire laitière se transmettent tout au long de la filière et comment ces écosystèmes répondent aux changements associés à une transition agroécologique.

Le projet EggToMeat vise à identifier l'impact des paramètres d'élevage sur le flux du microbiote tout au long de la chaîne de production du poulet, des œufs aux carcasses. À cette fin, deux conditions d'élevage (intérieur vs extérieur) seront comparées sur un seul lot d'œufs embryonnés.

Le projet EnterotyPig s’inscrit dans l’axe 1 du métaprogramme dédié à l’étude des mécanismes d’assemblage et d’interaction au sein des holobiontes, volet animaux d’élevage, espèce porc. Il vise en particulier l’analyse du déterminisme génétique de l’hôte dans la construction et l’évolution de l’holobionte au cours de la vie et l’analyse fonctionnelle différentielle des deux entérotypes (c'est-à-dire des types de microbiotes) trouvés dominants dans nos conditions d’élevage.

Le projet MicroWean porte sur la colonisation microbienne des surfaces muqueuses pendant les premiers jours de la vie, un processus essentiel au développement du nouveau-né.

Le projet HOLOPIG concerne le contrôle microbien de la maturation de la barrière épithéliale intestinale et ses effets à long terme sur la santé des mammifères. Nous proposons d'utiliser l'holobionte de porc comme modèle pour identifier le mode d'action des bactéries primocolonisatrices sur les cellules épithéliales de l'hôte.

Le projet MOTHERS concerne le contrôle du microbiote intestinal chez le poulet. Il vise à inoculer un microbiote préalablement sélectionné, exempt de pathogènes, pour permettre l'installation d'un microbiote intestinal ayant des effets bénéfiques sur la réponse immunitaire, un effet barrière contre les salmonelles et l'amélioration de la performance zootechnique des volailles.