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Projet exploratoire EnterotyPig (2020 - 2021)

EnterotyPig - Entérotypes du microbiote intestinal chez le porc : caractérisation fine et influence de la génétique de l’hôte pour assembler l’holobionte

Le projet EnterotyPig s’inscrit dans l’axe 1 du métaprogramme dédié à l’étude des mécanismes d’assemblage et d’interaction au sein des holobiontes, volet animaux d’élevage, espèce porc. Il vise en particulier l’analyse du déterminisme génétique de l’hôte dans la construction et l’évolution de l’holobionte au cours de la vie et l’analyse fonctionnelle différentielle des deux entérotypes (c'est-à-dire des types de microbiotes) trouvés dominants dans nos conditions d’élevage.

Contexte et enjeux

Chez les animaux et en particulier les mammifères, étudier l’influence de la génétique de l’hôte sur la composition du microbiote intestinal se heurte à la difficulté de dissocier de façon précise la variabilité du microbiote due aux effets génétiques et aux effets environnementaux liés notamment à la transmission du microbiote maternel à la naissance. Une démonstration formelle des possibilités d’évolution hôte-microbiote (holobionte) par sélection directionnelle sur plusieurs générations permettra d’avancer sur cette question.

Objectifs

Notre objectif est d’étudier, chez le porc, le rôle de la génétique de l’hôte sur son microbiote intestinal, considéré non plus comme un simple phénotype mais comme un écosystème dynamique qui va co-évoluer avec son hôte, nous appuyant ainsi sur le concept d’holobionte.

Nous proposons d’exploiter et de développer un modèle d’étude fondé sur la constitution de lignées de porcs contrastées pour deux entérotypes afin de :

  1. Étudier la transmission intergénérationnelle des entérotypes et leur association avec des caractères d’élevage.
  2. Étudier l’influence de l’environnement maternel péri-postnatal par des adoptions croisées.
  3. Caractériser la composition taxonomique fine des deux entérotypes par des analyses de métagénomique quantitative en exploitant le catalogue de gènes du microbiote intestinal du porc.
  4. Évaluer la faisabilité et utilité d’un test rapide et fiable qui permette la classification des animaux par entérotype ;
  5. Déterminer la dynamique d’évolution des entérotypes entre 60 et 120j. Les résultats permettront de consolider le modèle d’étude avec au moins une publication sur le déterminisme génétique de la composition du microbiote, et seront fondateurs pour soumettre un projet à l’ANR sur les liens entre phénome, génome et métagénome à l’échelle de l’holobionte, en tenant compte du couplage entre caractères de santé, bien-être et production.

 

Partenaires INRAE

Unité / Équipe

Département

Expertise

GABI
GeMS

Génétique Animale

Génétique et génomique porcine, étude des interactions hôte-microbiote intestinal, biologie computationnelle, métagénomique, expérimentation animale et prélèvements en unité expérimentale, extraction ADN fécal

GABI Plateforme@BRIDGe

Génétique Animale

Séquençage MiSeq

GenPhySE
ModGen

Génétique Animale

Génétique quantitative, estimation des paramètres génétiques, gestion des lignées porcines avec saisine au comité d’éthique Poitou-Charentes

MICALIS
MIHA

Microbiologie et chaîne alimentaire

Microbiologie, biologie moléculaire, fonctionnalité de souches et de microbiote, bioinformatique, génomique

MGP
INFOBIOSTAT

Microbiologie et chaîne alimentaire

Statistiques et bioinformatique, relations microbiote/santé

GENESI
Équipe porc

Génétique Animale

Production des animaux des deux lignées ; congélation de semence

 

Contact - Coordination :

Date de modification : 04 septembre 2024 | Date de création : 16 novembre 2021 | Rédaction : Com / Danielle Canceill