EnterotyPig - Entérotypes du microbiote intestinal chez le porc : caractérisation fine et influence de la génétique de l’hôte pour assembler l’holobionte

Contexte et enjeux

Chez les animaux et en particulier les mammifères, étudier l’influence de la génétique de l’hôte sur la composition du microbiote intestinal se heurte à la difficulté de dissocier de façon précise la variabilité du microbiote due aux effets génétiques et aux effets environnementaux liés notamment à la transmission du microbiote maternel à la naissance. Une démonstration formelle des possibilités d’évolution hôte-microbiote (holobionte) par sélection directionnelle sur plusieurs générations permettra d’avancer sur cette question.

Objectifs

Notre objectif est d’étudier, chez le porc, le rôle de la génétique de l’hôte sur son microbiote intestinal, considéré non plus comme un simple phénotype mais comme un écosystème dynamique qui va co-évoluer avec son hôte, nous appuyant ainsi sur le concept d’holobionte.

Nous proposons d’exploiter et de développer un modèle d’étude fondé sur la constitution de lignées de porcs contrastées pour deux entérotypes afin de :

1. Étudier la transmission intergénérationnelle des entérotypes et leur association avec des caractères d’élevage.
2. Étudier l’influence de l’environnement maternel péri-postnatal par des adoptions croisées.
3. Caractériser la composition taxonomique fine des deux entérotypes par des analyses de métagénomique quantitative en exploitant le catalogue de gènes du microbiote intestinal du porc.
4. Évaluer la faisabilité et utilité d’un test rapide et fiable qui permette la classification des animaux par entérotype ;
5. Déterminer la dynamique d’évolution des entérotypes entre 60 et 120j. Les résultats permettront de consolider le modèle d’étude avec au moins une publication sur le déterminisme génétique de la composition du microbiote, et seront fondateurs pour soumettre un projet à l’ANR sur les liens entre phénome, génome et métagénome à l’échelle de l’holobionte, en tenant compte du couplage entre caractères de santé, bien-être et production.

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