Si la composition du microbiote intestinal est propre à chaque individu, des études récentes chez les humains et les animaux ont mis en évidence que la variété des microbiotes observée au sein d’une population peut être regroupée en grandes catégories présentant des caractéristiques similaires en termes de groupes bactériens représentés. On considère souvent que l’environnement, en particulier l’environnement maternel à la naissance, et l’alimentation sont les principaux facteurs influençant la composition du microbiote chez les jeunes.

Pour la première fois, une équipe de chercheurs a sélectionné 2 lignées de porcs dont les géniteurs ont été choisis selon 2 types de microbiote intestinal. Les scientifiques ont ainsi étudié l’influence des facteurs génétiques sur la formation du microbiote intestinal de 1 000 porcs sur 3 générations. Afin d’évaluer s’il est possible de sélectionner les porcs pour la composition de leur microbiote intestinal, les scientifiques ont dans un premier temps mis en évidence qu’il est possible de répartir des porcelets âgés de 60 jours en 2 groupes correspondant à 2 types de microbiote appelés entérotypes. Chaque entérotype est caractérisé par une surabondance relative de 2 genres bactériens : Prevotella et Mitsuokella pour l’entérotype PM, et Ruminococcus et Treponema pour l’entérotype RT.

Les résultats montrent que dans la lignée sélectionnée pour l’entérotype PM, la fréquence de cet entérotype est passée de 53 % dans la population initiale avant sélection à 87 % après 3 générations ; dans l’autre lignée, la fréquence de l’entérotype RT est quant à elle passée de 47 % à 70 %. Des analyses de la vitesse de croissance des 2 lignées montrent que les porcs sélectionnés sur le microbiote de type PM ont une croissance plus rapide jusqu’à 70 jours d’âge.

Ces résultats prouvent que la génétique de l’animal a une influence importante sur la formation de son microbiote intestinal et que sa composition ne dépend pas que de l’environnement. Ils confirment l’intérêt de prendre en compte le microbiote intestinal dans les schémas de sélection pour améliorer la durabilité et la résilience en élevage.