Les organismes supérieurs (plantes, animaux et humains) vivent en étroite association avec des cortèges de microorganismes : bactéries, champignons, virus,... Ces microbiotes forment avec leur hôte un ensemble appelé holobionte (du grec holos, ‘’tout’’, et bios, ‘’vie’’). Le métaprogramme Holoflux s'intéresse à la constitution, à la dynamique et au pilotage des holobiontes en étudiant les interactions hôtes-microorganismes et les flux microbiens qui les traversent au sein de différents environnements.

Les environnements étudiés sont les systèmes agri-alimentaires au sens large, de la production des aliments (culture, récolte, transformation, conservation) jusqu’à leur distribution, leur consommation et la gestion des déchets et coproduits. Holoflux prend en compte tout particulièrement les enjeux d'une alimentation saine et durable, et de préservation de la santé des plantes, animale et humaine.

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