HOLOGRAIN - Comment les successions de communautés microbiennes dans la chaine de production d’aliments issus de céréales déterminent la qualité finale des produits

Contexte et enjeux

La filière ‘céréales’ est un exemple particulièrement pertinent d’une chaîne de production d’aliments composée d’étapes successives caractérisées par des microbiotes particuliers/différents qui peuvent influencer le développement de la qualité (sanitaire, organoleptique, nutritionnelle et technologique) de l’aliment final.

Les enjeux sont les suivants :

• Pouvoir suivre un holobionte grain tout au long de sa ‘vie’ avec des outils et des méthodologies partagés, et caractériser les déterminants de son évolution conduisant à la préservation ou au développement des qualités de l’aliment.
• Connaître les flux microbiens ou successions microbiennes liées à des ruptures de conditions pour identifier les origines des inocula et évaluer l’importance des effets de priorité dans l’assemblage de ces communautés. L’ensemble de ces données permettra de définir des marqueurs d’évolution favorables et des leviers d’action intégrés tout au long de la chaîne agro-agri-alimentaire.
• Étudier la possibilité de mettre en place des stratégies de construction de la qualité des produits céréaliers basées sur le pilotage des communautés microbiennes aux différents maillons de la chaine de production.

Périmètre : Les filières céréalières et les différents modes de culture, stockage et transformation.

Objectifs

Le consortium HoloGrain permettra d’associer les différentes équipes dans une réflexion commune et un partage de données et connaissances pour mettre en lumière l’importance des flux ou successions microbiennes, de la semence aux produits consommés, dans l’élaboration de la qualité des aliments à base de céréales (blé et orge), et proposer des leviers pour atteindre les critères de qualité souhaités.

Il a pour ambition de :

• Rassembler dans une réflexion partagée des acteurs impliqués dans des recherches sur les céréales s’intéressant aux communautés microbiennes et leurs évolutions, de la semence à l’aliment consommé.
• Échanger les savoir-faire, techniques, matériels pour définir un socle méthodologique utilisable tout au long de la chaîne alimentaire.
• Permettre aux actions de recherche déjà engagées de progresser plus rapidement et faciliter leur intégration. 
• Valider le concept de l’influence des effets de priorités dans l’holobionte sur la construction des qualités du produit, et produire une synthèse pluridisciplinaire des connaissances validant ce concept et soulignant les lacunes restantes.
• Construire les bases d’un projet de recherche sur ‘holobionte grain’ de la semence au produit consommé, afin de le proposer à des partenaires nationaux et européens et anticiper des réponses à appel à projet.

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