Thèses

La transition vers des pratiques agroécologiques se présente comme une des voies de renforcement de la durabilité des systèmes d’élevage et de la résilience de l’environnement. Ces pratiques influencent une grande diversité d’holobiontes et de microbiotes environnementaux interconnectés depuis le sol jusqu’au produit.

L’émergence de bactéries pathogènes résistantes à de multiples antibiotiques est une menace réelle pour notre système de santé, et est principalement causée par le transfert de gènes de résistances mobiles entre bactéries.

Premier prébiotique disponible pour le nouveau-né, les oligosaccharides du lait (MO) jouent un rôle crucial dans l'assemblage de l’holobionte. En effet, ils régulent notamment la composition du microbiote intestinal et modulent la réponse immunitaire de l'hôte. L’étude de la composition en MO humains et de certaines espèces de mammifères révèle une importante diversité de structure.

De nombreuses recherches visent à exploiter les capacités du microbiote en agriculture pour développer des solutions durables de gestion de la santé des plantes. Dans ce contexte, l'étude des leviers permettant le pilotage de l’holobionte plante-microbiote représente un front de science majeur.

La baie de raisin à maturité constitue la première source de microorganismes fermentaires impliqués dans la transformation du moût de raisin en vin. Elle est également le siège du développement de pathogènes responsables de la diminution du rendement et de la qualité de la récolte.

Avec l’essor des vins dits "naturels", l’identification des processus gouvernant la fermentation spontanée devient essentiel. Au-delà de la simple description des effets de la composition du microbiote sur la vinification, comprendre les processus qui déterminent les flux microbiens dans le vignoble et le chai donnera les clefs de leur gestion.

La vaccination est l’une des méthodes préventives les plus efficaces pour lutter contre les maladies infectieuses en élevage. Cependant les variations génétiques et les variations du microbiote intestinal influent sur l’efficacité de la réponse vaccinale, et les variations génétiques impactent celles du microbiote. Enfin, l’influence de l’élevage en plein-air des animaux sur la réponse vaccinale est à ce jour peu connue.

Chez les animaux d’élevage, les troubles digestifs fréquemment observés après le sevrage conduisent à l’utilisation de traitements contribuant à l’émergence de bactéries résistantes aux antibiotiques. Le but du projet de thèse est de développer une nouvelle stratégie de préservation de la santé digestive des jeunes animaux sans utiliser d’antibiotique.

Les maladies infectieuses respiratoires constituent l’un des défis les plus importants pour l’industrie de l’élevage, impactant la santé et le bien-être des animaux, l’environnement et la santé publique.

Le tractus gastro-intestinal est un réservoir d'agents pathogènes opportunistes ou pathobiontes, qui bénéficient du déséquilibre du microbiote intestinal ou dysbiose pour proliférer chez les patients prédisposés. Les entérocoques résistants à la vancomycine (ERV) proviennent du tractus gastro-intestinal, où leur prolifération précède leur dissémination dans la circulation sanguine et lymphatique et l’infection.