Étude de la transmission du microbiote des graines et de son impact sur le phénotype de la jeune plante

Obtenir une meilleure compréhension de la dynamique et de l’influence de ce microbiote durant l'établissement des cultures est particulièrement opportune car l'industrie semencière se prépare à une révolution majeure dans les traitements des semences associée à la réduction de l'utilisation des pesticides de synthèse. Dans ce contexte, ce projet de thèse propose d’utiliser des approches d’écologie synthétique qui permettent d’étudier la dynamique d’un microbiote de composition connue (communauté synthétique) et son impact sur le phénotype de l’hôte de manière contrôlée. En particulier, la première partie de ce projet de thèse portera sur l’étude de la transmission du microbiote des graines à la plantule, afin de déterminer quelle fraction constitue réellement « l’inoculum primaire » de la plante. Dans une seconde partie, l’effet de ce microbiote sur différents traits végétaux sera évalué via du phénotypage haut-débit par digital imaging, et caractérisation du métabolome de la plantule. La dernière partie de ce travail consistera à identifier les souches/consortias et fonctions microbiennes impliqués dans la modification du phénotype de la plantule via des reconstructions ciblées de communautés synthétiques et par génomique comparative.