Déterminisme génétique de la réponse vaccinale et de la composition du microbiote caecal chez la poule en élevage plein-air

L’élevage en plein-air des animaux est en plein essor pour son effet supposé sur l’amélioration du bien-être animal. Combiner sélection génétique et approche nutritionnelle pour la modulation du microbiote afin d’améliorer et homogénéiser la réponse vaccinale en élevage plein-air est une approche novatrice répondant à un fort enjeu sociétal et sanitaire.

Pour mieux comprendre comment les interactions complexes entre microbiote et génétique impactent la réponse vaccinale, le (la) doctorant(e) étudiera le contrôle génétique de la réponse vaccinale et du microbiote intestinal dans une cohorte de 400 poules pondeuses élevées en plein-air en conditions expérimentales. Des mesures de paramètres immunitaires, de réponse vaccinale, de composition du microbiote caecal et de comportement seront effectuées avec l’appui d’immunologistes et de comportementalistes. 

Des données individuelles de génotypage seront obtenues, et permettront de mener des analyses d’association (GWAS) et ainsi d’identifier les régions génomiques impliquées dans le contrôle génétique de ces caractères. La comparaison des architectures génétiques des différents caractères permettra de mieux comprendre les interactions entre caractères et de faire une première évaluation de la faisabilité d’une sélection génétique pour une meilleure réponse vaccinale.