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Contexte et enjeux

Dans les agroécosystèmes, la contamination des sols par des composés xénobiotiques, tels que les pesticides utilisés en agriculture conventionnelle et les antibiotiques utilisés en élevage ou apportés via la fertilisation organique des sols, peut également provoquer par le transfert de ces composés et/ou de leurs intermédiaires de dégradation la contamination des eaux de surface et souterraines.

Ces xénobiotiques et leurs produits de transformation peuvent avoir des effets néfastes sur les organismes y vivant et sur les fonctions et services écosystémiques auxquels ils contribuent. Par conséquent, le développement d’approches de bio-remédiation, s’appuyant sur l’utilisation des capacités de biodégradation des pesticides et des antibiotiques (i.e. antibiotrophie) de certaines guildes bactériennes pour réduire la persistance de ces substances néfastes dans les sols agricoles et dans les cours d’eau récepteurs pourrait améliorer la résilience et la durabilité des agroécosystèmes.

Objectifs

L’objectif de ce projet exploratoire est de développer un protocole innovant de pilotage des communautés bactériennes en s’appuyant sur les concepts et méthodes utilisées en sélection génomique, et d’évaluer leur utilisation en bio-remédiation dans différents compartiments de l’agroécosystème à partir de tests au laboratoire avec des sols agricoles et des sédiments pollués.

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