MIMISIPI - Métagénomique et métatranscriptomique du microbiote intestinal dans le contexte de la dysbiose induite par la super excrétion de Salmonella chez le porc

Premièrement, l'hôte présente un pic d'inflammation ; deuxièmement, une perturbation du microbiote intestinal a été observée, y compris des fonctions liées à la respiration anaérobie ; troisièmement, un pic d'excrétion de Salmonella a été observé, exacerbé chez les individus super-excréteurs. 

Nous émettons l'hypothèse que les changements survenant dans le microbiote intestinal au niveau fonctionnel déterminent en fin de compte si un porc devient un animal à faible ou forte excrétion. C'est pourquoi nous proposons d'étudier cela en combinant la métagénomique (fonctions potentielles/prédites) et la métatranscriptomique (fonctions exprimées). Dans la cette étude, nous réanalyserons les échantillons déjà collectés (étude PMID:36629432), afin d'effectuer une caractérisation métagénomique et métatranscriptomique des points temporels avant et immédiatement après l'infection. 
En outre, une analyse intégrée nous permettra de déterminer laquelle des espèces métagénomiques exprime les fonctions cruciales, en particulier celles liées à la réponse inflammatoire et à la colonisation par Salmonella. Ce projet apportera un complément précieux aux connaissances actuelles sur la super-excrétion de Salmonella et jettera les bases de la modulation du microbiote intestinal visant à réduire l'impact de Salmonella sur cet holobionte.

Objectifs

L’objectif de MiMiSiPi est de développer une approche consistant en une caractérisation combinée d'échantillons complexes (par ex. microbiote intestinal ou échantillons "GM") par la métagénomique et la métatranscriptomique. 
Nous proposons un parcours interdisciplinaire, réunissant bioinformaticiens, mathématiciens et microbiologistes, basé sur l’organisation de trois événements distincts 

1. un séminaire réunissant des personnes de l'Institut travaillant et/ou intéressées par la caractérisation combinée métatranscriptomique et métagénomique visant à étudier des échantillons complexes, tels que les échantillons GM 
2. un workshop centré sur les intérêts, outils et perspectives de cette approche, en particulier ceux concernant l'association entre les espèces métagénomiques et les fonctions métatranscriptomiques exprimées, à travers la biostatistique et la modélisation mathématique 
3. un stage de Master 2 avec une supervision conjointe se concentrant sur la reconstruction taxonomique des espèces métagénomiques et leur association avec les fonctions exprimées.

Acteurs du projet

Partenaires INRAE

Partenaires extérieurs