Contexte et enjeux

Les relations entre un microbiote intestinal bien équilibré, la santé et les performances des animaux sont désormais bien établies. Pour de nombreux animaux, les contacts entre les adultes et leur progéniture constituent la principale voie de transmission du microbiote intestinal. Cependant, les conditions d'élevage hautement aseptiques utilisées dans les couvoirs de volailles, où les poussins nouvellement éclos ne sont pas en contact avec leur mère, ont altéré cette transmission, qui est cruciale pour la robustesse des animaux. Dans ce contexte, les poulets acquièrent leur microbiote intestinal à partir d'un microbiote environnemental pauvre et indéfini. Cela peut entraver ultérieurement le développement d'un microbiote intestinal équilibré et, à son tour, compromettre le développement de l'intestin et réduire la résistance aux agents pathogènes entériques. En revanche, le développement normal du microbiote intestinal peut favoriser un "effet barrière" contre les agents pathogènes.

Objectif

Ce projet vise à caractériser en profondeur un microbiote adulte isolé à INRAE, appelé PaFAIM, disponible en quantité suffisante pour des expériences répétées et pouvant être utilisé comme microbiote de départ chez le poussin. Le PaFAIM est exempt de pathogène et de tout gène d'antibiorésistance depuis son prélèvement initial. Dans ce projet, nous évaluerons si le PaFAIM, utilisé comme microbiote de départ, peut conduire au développement d'un microbiote intestinal complexe, bien équilibré, avec des effets bénéfiques sur la réponse immunitaire de l'hôte, la performance de l'animal et fournissant un effet de barrière contre la colonisation cæcale par Salmonella, comme le fait un microbiote intestinal adulte.

Cet objectif sera atteint grâce à une approche multidisciplinaire comprenant une caractérisation multiomique à l'échelle de l'holobionte entier, et une approche de modélisation épidémiologique. Ce projet ouvrira la voie à un développement ultérieur d'un microbiote simplifié, offrant un effet protecteur contre les pathogènes intestinaux et augmentant la robustesse des poussins.

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